Zaplanowano tutaj pokoje hostelowe, schludny hall główny kasy biletowe, toalety i pomieszczenia usługowe. Cały program został wpisany w istniejący rys wnętrz, wykorzystując istniejące kolebki, łuki, okna lunetowe jako subtelną aranżację.Znacznej przemianie ulegnie otoczenie dworca – sąsiadujący ze stacją budynek tzw. „Administracji”, posłuży jako rozszerzenie programu komercyjnego dworca, oferując między innymi lokal gastronomiczny z zewnętrznym tarasem. Plac przydworcowy zostanie wyposażony w aranżowaną zieleń i małą architekturę. Nową jakością będzie wykonanie przebicia pod istniejącym peronem, w celu zapewnienia bezpośredniego dostępu z placu przydworcowego do przejścia podziemnego. Będzie to nie tylko przestrzeń komunikacyjna, ale również węzeł integrujący budynki, przestrzeń publiczną i przestrzeń transportową.
Transprojekt Gdański wygrał przetarg na opracowanie wielobranżowej dokumentacji projektowej oraz pełnienie nadzoru autorskiego dla zadania „Przebudowa dworca kolejowego Toruń Miasto” oraz „Przebudowa dworca kolejowego Toruń Wschodni”. Przebudowa dworców jest częścią inwestycji o nazwie „Modernizacja linii kolejowej nr 353 na odcinku Toruń Główny – Toruń Wschodni wraz z infrastrukturą dworcową oraz budową nowych przystanków kolejowych w Toruniu – BiT City II”.
Wzniesiony w 1888 r. dworzec Toruń Miasto zostanie przebudowany w duchu wczesnego modernizmu, którą to szatę nadano budynkowi na początku XX wieku.
Dokumentacja projektowa zakłada połączenie hallu głównego z planowanym peronem krawędziowym, na piętrze powstanie hostel, a wyniesiony ponad poziom posadzki hallu wysoki parter będzie przeznaczony na usługi komercyjne. Ze względu na ochronę konserwatorską zespołu dworcowego, uwzględniono projektowe wytyczne dla przyszłych najemców lokali. Przestrzeniom publicznym podlegającym aranżacji w pełnym zakresie, nadano zabarwienie stylu art déco.
Przebudowa obejmie również otoczenie – będące częścią kompleksu dwa pozostałe budynki, tzw. „Stara Apteka” i „Stare Szalety”, zostaną funkcjonalnie zintegrowane z dworcem. Oprócz wymiany części nawierzchni utwardzonych, pojawi się mała architektura i nasadzenia zieleni. Zaplanowano letnią poczekalnię , która znajdzie miejsce w podlegającej adaptacji wtórnej dobudowie przy „Starej Aptece”.
Obiekt zostanie dostosowany do potrzeb osób niepełnosprawnych.
Drugie zadanie dotyczyło przebudowy i remontu neogotyckiego dworca Toruń Wschodni gdzie zdecydowano się na śmiałą interwencję w wystrój wnętrz, z odsłonięciem historycznej więźby dachowej w hallu głównym, radykalną zmianą kolorystyki i z wyszukanym umeblowaniem i oświetleniem.
